深圳宝安国际机场3号航站楼的设计概念能让人想起蝠鲼的形象，这种鱼能呼吸和改变自己的形状，设计经过一系列改变，最后变成了一只鸟，象征着从这里开始将有一段美妙的航程。
3号航站楼的结构是一条大约1.5公里长的隧道，它的形状看上去似乎是被风吹成的，很像一件有机形状的雕塑。屋面轮廓的特点是高度不断变化，与周围的自然景观相呼应。
设计的象征性元素是包裹着建筑的内外双层“表皮”上的蜂巢主题结构。这两层“表皮”可以让自然光照射进来，从而在室内空间中创造明亮的效果。覆层由蜂窝形状的金属板和可部分开启的大小不同的玻璃板组成。
乘客通过巨大的“尾巴”下方的入口进入航站楼。宽敞的航站楼空间内最大的特点是采用了圆锥形的白色支撑柱，它们向上延伸，一直接触到屋面，就好像大教堂的内部结构。一楼的航站楼广场通往行李托运处、出港区、进港区以及咖啡馆、餐厅、办公室和商务设施。出港厅设有办理登机手续的柜台、航空公司信息台和几个帮助台。出港厅两层和三层高度的空间在室内空间的不同楼层之间建立起了视觉联系，为自然光创造了一条通道。登机办理结束后，国内外的乘客就可以分别到不同的楼层寻找自己的登机口了。
大厅是机场的关键区域，共有三个楼层。每个楼层的功能都不同，分别为出港区、进港区和服务区。大厅管状的形状采用了运动的概念。“交叉点”是大厅三个楼层与通高的空间垂直相连的连接处，通高的空间允许自然光从最高处照射下来，经过过滤，照射到一层连接处的候机厅。
蜂窝主题结构也被转移和复制到了室内设计中。盒子状的店铺面对面设置，以更大的规模再现了蜂窝设计，并以不同的连接方式出现在了大厅中。
室内设计由Fuksas事务所负责，包括上网区、办理登记手续区、安检口、登机口和护照检查区。室内设计有着严谨的轮廓，不锈钢饰面反射并强化了室内“表皮”的蜂窝主题结构。
有着雕塑形式的物体——程式化的白色大树——被设计用来容纳航站楼和大厅内的所有空调，它们复制了无定形的设计，灵感来自大自然。行李认领处和信息台也采用了这样的设计。
